Молдавский государственный университет является одним из лучших высших учебных заведений в Республике Молдова. Согласно международному рейтингу Ranking Web of Universities (Webometrics), МГУ занимает 221 место в Центральной и Восточной Европе, 1007 место в Европе и 3148 место в мире, передает IPN.

Из молдавских университетов, за МГУ следуют Технический университет Молдовы и Международный независимый университет Молдовы. На IV позиции находится Государственный педагогический университет им. Иона Крянгэ, затем Академия экономических знаний Молдовы и Государственный университет медицины и фармации им. Николая Тестемицану.

На VII месте находится Государственный аграрный университет Молдовы, после которого Государственный университет им. Алеку Руссо из Бэлць и Государственный университет им. Богдана Петричейку Хашдеу из Кахула. Завершает десятку молдавских университетов Higher Anthropological School.

В десятку лучших высших учебных заведений мира, согласно рейтингу, входят семь вузов из США, и три из Великобритании.

Показатели, по которым был составлен рейтинг, включают прозрачность учреждений, видимость веб-страниц и открытость по отношению с публикой. Webometrics составляется группой ученых из Испании. Рейтинг проводится дважды в год, зимой и летом. По сравнению с предыдущим рейтингом, большинство высших учебных заведений в Республике Молдова поднялись в позиции.