Procesul de votare din ziua turului de scrutin, 13 noiembrie, a fost, în general, bine organizat şi desfăşurat într-o manieră ordonată. Cu toate acestea, în unele secţii de votare, participarea alegătorilor a depăşit numărul de buletine de vot disponibile. Astfel, a existat un număr de alegători care nu şi-au putut exercita dreptul de vot. Concluziile se regăsesc în raportul preliminar al Misiunii de Monitorizare a Alegerilor din cadrul Reţelei Europene a Organizaţiilor de Monitorizare a Alegerilor (ENEMO).
Într-o conferinţă de presă la IPN, Dritan Taulla, şeful adjunct al Misiunii de Observare, a comunicat că patru echipe de observatori pe termen scurt au fost mobilizaţi şi au urmărit deschiderea secţiilor de votare, votarea, închiderea secţiilor, numărarea voturilor şi totalizarea rezultatelor obţinute în 56 de birouri electorale. Cinci observatori au monitorizat şapte secţii de votare care au fost constituite pentru a permite votarea cetăţenilor moldoveni aflaţi în străinătate. De asemenea, în timpul zilei alegerilor, observatorii ENEMO au monitorizat şi activitatea Comisiei Electorale Centrale.
Potrivit şefului Misiunii, Peter Novotny, cazuri de încălcare a drepturilor fundamentale (încălcarea secretului de vot, intimidare, încălcare a demnităţii şi a valorilor inerente persoanei umane) s-au observat în secţiile de votare amenajate în cadrul spitalelor de psihiatrie şi în penitenciare.
ENEMO a remarcat partizanatul puternic în mass-media şi faptul că reflectarea părtinitoare a campaniei electorale a continuat între cele două tururi de scrutin electoral. Imposibilitatea de a impune sancţiuni adecvate şi eficiente pentru încălcările admise de către mass-media rămân îngrijorătoare. Observatorii menţionează că asemenea situaţie a limitat posibilitatea publicului de a obţine informaţii imparţiale. La fel candidaţii au fost lipsiţi de condiţii egale.
Totodată, au fost observate neajunsuri în procesul de soluţionare a litigiilor electorale în cadrul CEC, care a amânat examinarea plângerilor electorale după a 2-a rundă a alegerilor – ceea ce este contrar prevederilor Codului Electoral, cât şi în cadrul altor organe competente în identificarea, investigarea şi urmărirea cazurilor de încălcări sau infracţiuni legate de alegeri.
Constatările misiunii se vor regăsi într-un raport final, care urmează să fie publicat în termen de 60 de zile din ziua alegerilor.
ENEMO Misiunea Internaţională de Observare a Alegerilor pentru alegerile prezidenţiale din 30 octombrie 2016 din Republica Moldova este susţinută financiar de Ambasada Regatului Ţărilor de Jos, în cadrul Programului de Fond cu Responsabilitate; şi Black Sea Trust, un proiect al German Marshall Fund al Statelor Unite ale Americii.