Cadrul legislativ existent are temei juridic suficient pentru desfăşurarea unor alegeri democratice. Cu toate acestea, prevederile Codului Electoral reglementează vag procedurile aplicate pentru a doua rundă electorală. Astfel, se lasă posibilitatea unor interpretări subiective şi unor neconcordanţe în aplicarea legislaţiei. De această părere sunt membrii Misiunii de Monitorizare a Alegerilor din cadrul Reţelei Europene a Organizaţiilor de Monitorizare a Alegerilor (ENEMO).
Dritan Taulla, şeful adjunct al Misiunii de Observare, a declarat la o conferinţă de presă la IPN că observatorii, care au monitorizat ambele tururi de scrutin, vor prezenta toate constatările într-un raport final, care urmează să fie publicat în termen de 60 de zile din ziua alegerilor. La fel, observatorii vor monitoriza procesul de depunere şi examinare a contestaţiilor. Experţii vor expune neajunsurile constatate şi vor veni cu sugestii şi propuneri pentru soluţionarea acestora.
În linii generale, procesul de votare în turului doi a fost bine organizat şi desfăşurat într-o manieră ordonată, urmând procedurile de bază. Cu toate acestea, în unele secţii de votare, birourile electorale ale secţiilor de votare au rămas fără buletine de vot, aşa cum participarea alegătorilor a depăşit numărul de buletine de vot disponibile.
Cazuri de încălcare a drepturilor fundamentale (încălcarea secretului de vot, intimidare, încălcare a demnităţii şi a valorilor inerente persoanei umane) s-au observat în secţiile de votare amenajate în cadrul spitalelor de psihiatrie şi în penitenciare.
Observatorii au constat neajunsuri în procesul de soluţionare a litigiilor electorale în cadrul Comisiei Electorale Centrale. Potrivit lor, CEC, a amânat examinarea plângerilor electorale după a doua rundă a alegerilor – ceea ce este contrar prevederilor Codului Electoral, cât şi în cadrul altor organe competente în identificarea, investigarea şi urmărirea cazurilor de încălcări sau infracţiuni legate de alegeri. ENEMO a remarcat partizanatul puternic în mass-media şi faptul că reflectarea părtinitoare a campaniei electorale a continuat între cele două tururi de scrutin electoral.
ENEMO Misiunea Internaţională de Observare a Alegerilor pentru alegerile prezidenţiale din 30 octombrie 2016 din Republica Moldova este susţinută financiar de Ambasada Regatului Ţărilor de Jos, în cadrul Programului de Fond cu Responsabilitate; şi Black Sea Trust, un proiect al German Marshall Fund al Statelor Unite ale Americii.