Complexul Hidroenergetic Nistrean a influențat calitatea apei pe cursul râului, în special după lacurile de acumulare 1 și 2. Conținutul de substanțe în suspensie scade brusc în Nistru în aval de complexul hidroenergetic, apa devine transparentă. Lacul de acumulare este un fel de „capcană” care reține deplasarea suspensiilor în aval. În albia minoră (matca) a lacului de acumulare, se precipită o cantitate semnificativă de aluviuni, particule, tulbureală, arată un studiu comandat de Programul Națiunilor Unite pentru Dezvoltare în Moldova, transmite IPN.
Complexul a redus considerabil conținutul de metale grele în apele Nistrului. După deversarea de la complexul hidroenergetic, se reduce conținutul de cupru, zinc etc., eventual, și de alți compuși organici toxici, care au proprietatea de a se absorbi pe particule și coloizi. Acești poluanți sunt „captați” în lacul de acumulare principal și se depozitează pe fundul acestui corp de apă, fără să se deplaseze în aval. După deversarea din lacul 2, în apă sunt prezente, în principal, forme dizolvate de metale. Se reduce ușor conținutul total al acestora și scad valorile maxime ale unor metale în apă.
Conținutul de biogeni, în particular, al ionilor de amoniu și nitrați, scade comparativ cu punctul de observație la intrarea în lacul de acumulare. Apa care vine în aval este mai puțin bogată în substanțe nutritive. Valorile maxime ale ionului de amoniu (forma de nitrat cea mai toxică din apă) sunt mult mai scăzute după deversarea apei din lacul 2, comparativ cu râul în amonte de lacul de acumulare principal.
Valorile medii ale oxigenului dizolvat în apă sunt, practic, aceleași, atât în amonte, cât și în aval de lacul de acumulare, dar oscilațiile concentrației de oxigen în aval de baraj sunt vizibil mai ridicate, fapt care este determinat, incontestabil, de funcționarea complexului hidroenergetic. Se înregistrează vârfuri de conținut ridicat de oxigen (când se efectuează deversarea), care alternează cu scăderea vizibilă a acestuia în apă (când deversarea este minimă sau lipsește).
Se pare că sub influența hidrocentralei se schimbă reacția mediului (рН). Apele slab alcaline, care sunt specifice Nistrului și sunt înregistrate în amonte de lacul de acumulare principal, devin mai neutre (are loc acidularea acestora) la intrarea în Moldova.
Complexul Hidroenergetic Nistrean exercită o influență vizibilă asupra regimului termic al râului în aval, întrucât captarea apei pentru turbine se efectuează din straturile adânci ale lacului de acumulare, în care apa are o temperatură scăzută. În legătură cu aceasta, în bieful (porțiune de canal sau de râu cuprinsă între două ecluze sau baraje) inferior, temperatura este mai mare decât cea normală în perioada rece a anului și sub normă – în perioada caldă.
Studiul a fost comandat de PNUD Moldova și elaborat de un grup de experți independenți, la solicitarea Ministerului Mediului, cu sprijinul financiar al Suediei.